Starcraft II : Heart of the SwarmL'artefatto Xel Naga ha cancellato gran parte del dna zerg della Regina delle Lame, facendola tornare ad avere una coscienza umana, e lo Sciame è nuovamente allo sbando senza più una guida. Kerrigan è tenuta in isolamento su una colonia scientifica del Protettorato Umojano, Valerian Mengsk non intende lasciarla tornare a piede libero prima di verificare che ella non sia più davvero una minaccia per l'umanità. Una volta appurato ciò sarà libera di andarse assieme al suo innamorato: Jim Raynor. Dagli esperimenti è emerso, però, che nonostante tutto parte del dna zerg è ancora presente in lei da permetterle di controllare anche degli zerg. Ciò che non avevano calcolato è l'ossessione dell'imperatore Mengsk di schiacciare senza pietà chiunque sia una minaccia al potere assoluto, la sua flotta è già pronta ad attaccare ed è disposto a sacrificare qualunque cosa o persona per ottenere la vittoria definitiva. L'unico modo che ha Kerrigan per ottenere la sua vendetta contro Mengsk è tornare ad avere il controllo dello Sciame zerg...
Prima espansione che introduce la nuova campagna zerg ricca di 27 nuove missioni e sono state, altresì, introdotte nuove unità per ognuna delle 3 razze. In ogni missione sarà possibile utilizzare degli eroi con particolari abilità speciali, cosa già presente in Wuings of Liberty ma solo per determinate mappe. Kerrigan potrà acquisire esperienza eseguendo gli obiettivi, primari e secondari, e salendo di livello le si sbloccheranno delle nuove abilità da scegliere. Come per il gioco principale, anche qui gli intermezzi tra le missioni si svolgeranno su una "nave", più specificatamente su un Leviatano zerg: un'enorme creatura vivente in grado di viaggiare nello spazio che ospita alveari e milioni di zerg al suo interno. Anche qui ci sono varie sezioni: in Missione si vedrà il briefing per la missione corrente con l'elenco degli obiettivi e delle ricompense, la "Plancia" (la zona standard del Leviatano) è dove si trova Kerrigan con i suoi aiutanti di fronte ad una pozza germinale e con una visuale verso l'esterno, nella Fossa Evolutiva si troveranno dei singoli esemplari delle varie creature dello Sciame che se selezionate aprono una finestra con l'elenco di evoluzioni possibili da scegliere (ovvero che tipo di upgrade si vuole che l'unità abbia nelle missioni successive), in Kerrigan c'è la scheda del personaggio di Kerrigan con le sue caratteristiche e l'albero delle abilità che possiede (man mano che sale di livello completando gli obiettivi se ne sbloccano di nuove selezionabili), in Archivio c'è l'elenco delle missioni già svolte (con l'opportunità di rigiocarle) e dei filmati visti. Anche qui ci sono vari filoni di missioni ma a differenza di Wings of Liberty sono da fare tutte ed una votla iniziato un filone lo si deve finire per poterne iniziare un altro.
Personaggi principali:
Jim Raynor: comandante del gruppo ribelle "Randagi di Raynor"
Valerian Mengsk: figlio dell'imperatore Arcturus Mengsk I, fondatore ed unico azionista della Fondazione Moebius
Sarah Kerrigan: ex Regina delle Lame, possiede ancora una piccola traccia di dna zerg
Matt Horner: comandante della nave stellare Hyperion, membro dei Randagi di Raynor
Izsha: attendente della Regina delle Lame sul Leviatano
Abashur: signore dell'evoluzione, progetta nuovi ceppi evolutivi per gli zerg, al servizio dello Sciame sin dai tempi dell'Unica Mente
Zeratul: prelato dei templari oscuri protoss
Zagara: matriarca della genia zerg sul pianeta Char
Horace Warfield: generale del Dominio Terrestre
Dehaka: capobranco di una genia di zerg primitivi del pianeta Zerus
Alexei Stukov: terran del DTU infestato
Nurad: ufficialmente scienziato del Dominio, nella pratica un mutaforma (presente in Brood War col nome di Samir Duran) al servizio di uno Xel Naga rinnegato
Nello spoiler descritte le storie delle varie trame di missioni del gioco.
Missioni di Umoja: Kerrigan è tenuta in isolamento in un laboratorio del Protettorato Umojano, Valerian Mengsk e Jim Raynor vogliono essere sicuri che la Regina delle Lame sia effettivamente morta. Il Dominio, però sferra un micidiale attacco che costringe le forze umojane e dei Randagi di Raynor a cercare una via di fuga.
Missioni di Kaldir: Kerrigan si trova sul pianeta Kaldir per prendere il controllo di una genia zerg sconfitta dai protoss. Questi, però, se riescono a contattare in qualche modo il pianeta Shakuras causeranno l'intervento dell'Armata d'Oro della Casta dei Templari e Kerrigan non può permettersi di avere anche i protoss alle calcagna.
Missioni di Char: la matriarca Zagara si è rintanata nelle gallerie di Char dopo che il Dominio, sotto il comando del generale Warfield, ha preso il possesso del pianeta. Non solo Kerrigan deve assoggettare la matriarca, e prendere così controllo della sua genia, ma anche porre fine all'occupazione del Dominio per far rifiorire il vecchio alveare principale dello Sciame.
Missioni di Zerus: Zeratul ha condotto Kerrigan su Zerus, pianeta d'origine della razza zerg. Lì vi sono presenti ancora gli zerg che gli Xel Naga non prelevarono, sono selvaggi e primitivi ma i misteri che nasconde il pianeta possono solo che rendere più forte Kerrigan per prepararla ad una grave minaccia futura.
Missioni di Skygeirr: Kerrigan scopre che il vice-comandante del DTU, Alexei Stukov, è stato infestato artificialmente in un laboratorio del Dominio. Egli la contatta per avvisarla che in quel posto vengono fatti esperimenti, dallo scienziato Nurad, per creare ibridi con dna zerg e protoss.
Missioni dello Spazio: Kerrigan decise di toranre ad essere la Regina delle Lame poiché i notiziari avevano annunciato l'esecuzione di Jim Raynor ma in realtà scopre che egli è tenuto prigioniero in una stazione segreta del Dominio. Lo Sciame ed i Randagi di Raynor si mettono sulle sue tracce per liberarlo.
Missioni Finali: tutte le matriarche zerg sono tornate sotto il controllo della Regina delle Lame ed è, quindi, giunto il momento che lo Sciame invada il pianeta Korhal per uccidere l'imperatore Mengsk ed ottenere la vendetta agognata da Kerrigan.
